En RIX-deltagare skall till Riksbanken betala avgifter enligt den prislista som från tid till annan tillämpas av Riksbanken. Avgiftssättningen skall bygga på principen om kostnadstäckning och icke-diskriminering och skall vidare vara utformad för att främja användningen av RIX för avvecklingen av stora betalningsförpliktelser brutto. Avgifterna är uppdelade på en fast och en rörlig del. Riksbanken får i särskild ordning debitera en RIX-deltagare för utvecklingskostnader i samband med anslutning till RIX eller utveckling av nya tjänster eller för andra kostnader som inte ingår i underlaget för avgiftssättningen.
Avgifter för Inhemska Betalningar fastställs av Riksbanken och avgifter för TARGET-betalningar fastställs av Europeiska centralbanken, ECB.